经过近半年的筹备，南京农业大学中华农业文明研究院于2001年6月正式成立。
    中华农业文明研究院（又名中国农业遗产研究室）是一个开放型，集科学研究、人才培养和信息收集与服务为一体的学术机构。它实行院务委员会领导下的院长负责制， 以一支训练有素的专职研究队伍为核心， 兼职研究人员、国内外访问学者及博士后研究人员为外围， 以科研项目为纽带，开展广泛的科学研究、人才培养及信息收集与传播的工作。
    中华农业文明研究院以研究和宣传我国悠久的农业历史和灿烂的农业文化为己任，结合当前经济和社会发展中的重大问题，有针对性地开展研究工作，力求做到“古为今用，洋为中用”，为我国文化事业的繁荣，为中国农业与农村的健康发展和农业现代化建设而努力奋斗。
   研究院下设科技经济与社会、农业科技史、农业经济史、农村社会史、世界农业史、中外农业交流等研究室和研究中心；在人才培养方面， 招收多个专业方向的博士和硕士研究生，接受博士后研究人员和国内外访问学者；在信息收集与服务方面， 建立中国农业遗产信息资源中心、中华农业文明多媒体研发中心，主编国家历史类核心期刊《中国农史》， 创办以农业历史和文化为主要内容、学术型和普及性兼顾的专题文化网站“中华农业文明网”。
   中华农业文明研究院的发展目标是：保持传统优势以强化特色， 拓宽研究领域以促进发展，聚合国内外农史和科学技术史的力量，将中华农业文明研究院办成国内领先并具有国际影响的的农史科学研究中心、人才培养中心、学术交流中心和信息资源中心。